总枢纽的统领下，先分为阴阳、显隐两大系统，或称为太极。在太极之下，又生三才，或称为三宝，即精、炁、神。此三宝必需和太极阴阳这两个系统共论，用三源理论阐述。例如精、炁、神这三个质元系统，元神、玉神、圣神这三个体元系统等等不同性质的子系统。三才之下又生四象，四象之下又分五行。五行之下再分为八卦、九宫等许许多多子系统。人体内道场基本上由这九大系统组成，层层分系，你中有我，我中有你，互含互纳，围绕方寸这个中心，共同构成人体这个巨系统。
人体这个小宇宙，与自然大宇宙有着直接的对应关系，修真者的人天合一、天人合一，就是为了求证、打通这种联系的信道。完成九大系统的和合，攒簇五行，合和四象，由三返二，由二返一，就是五气朝元，步入更完美的天人合一，这就是“观心得道”的变化机理。也是顺变“二生三”，逆变“三返二”的辩证之理。
三生万物。
“三生万物”，大道就其名而言，谓之道。大道就其数而言，谓之一。有一即有二，有二即有三，有三即有万。“三”是三元、三才，万物皆是一气含三。“一元四素全息论”和“三元(源)化生万物学说”，是玄灵修真理法学认识宇宙万物的整体观和方法论。