以前对中国祭孔祭祖的行为容忍是不对的，大力宣扬应该不准许中国教民祭祖，这才导致了南京教案。
金尼阁其实是比较赞同利玛窦的传教方法的，他从欧洲运来七千部书，其实就是利玛窦主张的学术传教：先用西方的学术来吸引中国人，然后让他们接受西方的宗教就会容易得多了。但龙华民是他的上级，也一直都很欣赏他，而龙华民在大明基督徒祭孔祭祖以及一些基督教字词的翻译方面有他的坚持，他虽然对龙神父的坚持不是太以为然，但至少现在双方关系还是很不错的。虽然他知道南京教案与龙华民的传教策略有直接关系，但是要他直接批评龙华民，重回利玛窦的老路，还是有些困难的。
现在皇帝直接指出南京教案是传教士这一方的原因，那就是直接告诉他，皇帝对他们的传教教义和某些传教方法是不满的，而在这个国家里，皇帝的态度可以直接决定传教的成果甚至是传教能否进行。
“尊敬的陛下，使臣上次回去曾经禀告我们的教皇，教皇已经准许我们将《圣经》翻译成中文，并可以用中国话进行圣事，我们是非常想在大明传播神的荣光的。”
“你倒是学会了避实就虚呀，如果不修改教义，你们在大明的传教是不会取得很好的成绩的，你们自己好好的