本上是以香港廉政公署为蓝本说的，最后他强调，在各级廉政机构外设立一个“公生廉”箱，方便民众检举，因为他知道反腐必须依靠广大民众，几个人的监察无论如何都比不上所有人的眼睛。
第二天皇帝下旨，锦衣卫千户张诚任廉政公署署长（正七品），国子监监生刘静文为副署长（从七品），成立大明廉政公署。廉政公署有监察百官之权。
这封圣旨说得虽然简单，却把百官们吓了一跳，特别是监察院和六科立即找皇帝来问情况，结果才知道整个廉政公署只有两个人，也就一笑置之了，都以为不过是皇帝想要给他的舅子找个实缺官当当罢了。
至于官员俸禄情况，方从哲的方案是各级官员本色均为米每年十二石，这和原来的一样，折色则规定为从九品官员银每年六十两，再无有其它折色，而每上一个品级，每年加银三十两。
按这个方案来算，还是以杨涟的正七品为例，可每年得银二百一十两，每月合一十五两多，而如果是正一品，则是每年五百七十两银。
朱由校道：“这样会不会太少了呀？”
方从哲道：“已经不少了，官员是免除徭役、免除税收的，他们家乡有大量的人会将自己的田亩挂在他们名下，这样也就能有很多收入