最后的处理方案，都提出了自己的看法。三人一致认为，奢崇明叛乱，固然有其野心膨胀的原因，但当地官员对土司盘剥过甚，却是引起叛乱的最重要的原因。
至于事后的处理，三人倒都认为应该改土归流，只是具体作法有些分歧。朱燮元和秦良玉认为应该以安抚为主，保留土司的部分权力然后设置流官。而鲁钦则认为应该将参与叛乱的土司全部杀死，然后设置流官，这样才能长治久安。
朱由校将三人奏折先交给内阁讨论，大家都对鲁钦的方案嗤之以鼻，认为大明一直以仁义待边民，讲究仁恕之道，怎么能够杀光土司呢？
朱由校其实很支持鲁钦的看法，因为他想到了后世的民族政策，如果摧毁了土人的上层建筑，那下层土民就会好管得多，一味的仁义，只会助力那些人的嚣张气焰。
于是他将奏折在早朝上让众大臣一起讨论，结果大多数人都认为朝廷应该行仁义之举，只有几个大臣认为应该对参与叛乱的土司们给些惩罚，以儆效尤。
这时却有个刑部郎中的看法与众不同，他站出来说道：“陛下，微臣觉得，如果宽恕了那些土司，不啻与鼓励别的土司造反，所以绝对不可以如此。臣认为所有参与了叛乱的土司都应该杀死，并将其抄家灭族，将其