结束了，山中残存的少股反贼已经成不了气候，而且秦良玉的白杆兵正在不停地清剿他们。
近卫军则开始休整，不久朝廷下旨，撤掉贵州宣慰司（水西）和水东司，设立水西县和水东县，划归贵阳府直管。所有没有参与叛乱的土司都维持原状，不准改土归流。
近卫军和白杆兵的战绩震慑住了土司们，永宁的改土归流则使他们惶恐不安，而朝廷的谕旨及时地将他们安抚住了，西南最大的家族安家在这一战中被一扫而空，也使得西南发生反叛的可能性大大地降低了。
历史上的奢安之乱，历时十七年，波及黔、川全省。两地巡抚均死于战祸，省府贵阳、成都都曾长期被困，牵制了明政府西南五省的兵力。更重要的是，十多年战事，庞大的军费开支对于已疲于应付北方战事及各地农民起义的明帝国来说，无疑是雪上加霜。所以后世有人认为，奢安之乱是导致明朝灭亡的最后一块落井石。而现在这块石头在不到一年的时间里就被朱由校粉碎掉了，使得大量想与奢安勾结的土司们来不及表现就熄灭了心中的蠢动，安安静静地当着他们的土皇帝，等待皇帝的下一次清洗。
皇帝圣旨也提到了封赏，秦良玉升为左都督，一品夫人，其子马祥麟袭石砫宣慰使。秦民屏升为总兵，