匿不上闻，而且救灾不力，结果被御史高推劾奏。皇帝震怒，派遣锦衣卫将他抓来京师问罪。然后下旨升延安知府孙传庭为兵部左侍郎，巡抚陕西。
有几个御史上奏认为孙传庭升官过速，恐因经验不足而致有失圣望，朱由校道：”御史能够有事奏事，朕心甚慰。不过孙传庭在延安府任上做的事，可能诸位还不大清楚。他拒北虏之事这个大家是知道的，当时朕加了他兵部侍郎衔，而他在延安府两年，清理田屯，增加产出的事诸位可能就不大清楚了。简单些说吧，延安府作为陕西最贫困的府，现在已经解决了民众的吃饭问题，而且延安府所募之兵，全部是府内自养，今年夏粮延安府全部收了上来，这样兵事民事都优秀的官员，能不能去管好陕西，我相信你们都心里有数吧。“
几个御史闹了个大红脸，都跪下请罪。朱由校让他们起来后说道：”你们没有罪，你们是御史，本来就是要提醒朕注意一些可能没注意到的事。不过朕希望你们不要从资历这些方面来看一个人，要从他能不能做事，会不会做事，是否有违法之事这些方面来看他是个什么人，这样才能判断他能不能当陕西巡抚。而他当了巡抚后，也要帮朕盯着他，看他做得如何，只要他一做错，就立刻来报告给朕，这样才是尽到了御史的本分