华岛接替第二师的防区。
第二师回国后，剩下的六个营加入到里面，混编之后，组建了新的独立旅，共有六个步兵营，一个骑兵营，由杨光皋任独立旅旅长，专门负责拱卫京师。而第二师师长由赵率教接任。
混编后的第二师赵率教部和第三师鲁钦部，前住山海关，接下了山海关的驻防。而山海关原来的部队，则由王在晋在鹿善继和孙祖寿的帮助下进行初步的整编，然后由鹿善继和孙祖寿带回拱极城进行训练。
山海关的明军部队极其复杂，有从甘肃，宁夏，四川各地来的客军，也有原来辽东的卫所兵。按照朱由校的意思，客军都应该回到原籍，以后不再有客军这种情况。但这一想法被徐光启等人打消了。
徐光启和黄克缵都认为，按籍贯而成军有大弊端，如今近卫军六师大多是辽东人，如果加进一些其它地方的官兵，这样就可以保证士兵有不同的籍贯，成为大明的近卫军而不是辽东或者某地的近卫军。
朱由校自然同意了这样一个对军队的长期建设有利的建议。于是山海关原有的近八万士兵经过初步的挑选整编，部分年老体弱者发放军费送回原籍以外，余下的七万士兵全部进入京师进行训练。
皇太极被送到京师时，正是朱由校抽调