叶向高自然明白皇帝的意思，心里大为沮丧。如果皇帝真的禁毁东林书院，东林人确实会大受打击，但这会激起民众的同情，反而使得民众会更加支持东林，东林人的未来会好得多。但现在皇帝只是命令东林人不写具结状便不得报考京师大学堂，看着对东林党影响不大，实际上却是软刀子割肉，很快就会使得东林书院变得门可罗雀。科举三年一考，一次取人不过两三百，又如何比得上京师大学堂里面的学得一年到几年，就可以外出为吏甚至为官。
朱由校又说道：“《东林会约》表示，东林书院已经不是一个单纯的学院了，朋党之名，实至名归。朕一向以为，天下万民，各司其是，便是大同世界。东林书院又想要教书育人，又想要参与议政，朕不喜欢。东林还有两句话，朕也一直深以为恶。一句是若非同道，即为仇敌。一句是书院楹联，风声雨声读书声声声入耳，家事国事天下事事事关心。”
“前一句，表示东林党人根本就不愿意听取别人的意见，只认为自己是正确的。所有有不同意见的人，都被他们视为仇敌。这样的人，别人当然也会视他们为仇敌。”
“后一句，表示东林书院根本就没有搞清楚自己的定位。在朕看来，学生先要把书读好，然后再去关心国家大事