负责这一运动的耕者有其田衙门主官杨涟的功绩让朱由校赞不绝口。他将工部的屯部和水部从工部中分离，组成新的农部，负责天下农业水利之事。而杨涟被任命为农部尚书，以原工部郎中陈所闻为农部左侍郎，管理农政农事，以原工部郎中左光斗为农部右侍郎，管理天下水利之事。
六部突然变成七部，自然让很多人都颇有微词。在此事未成之前，朱由校已经将消息透露给了阁臣和六部，结果通政司收到大量奏折，要求皇帝守祖宗之故例，不可随意修改原有各部。
在大朝会上，朱由校说道：“三省六部，古已有之，如今六部尚在，三省呢？唐时还有政事堂呢，现在有吗？内阁以前也没有吧，现在呢？朕登极诏中说道，朕要除旧布新，革故鼎新，现在不过改一小小工部，就开始要朕守旧制了，按你们的意思，那就是什么都不能动了，那还除个什么旧，布的什么新？”
除旧布新，革故鼎新几乎是每个皇帝的登极诏中都会有的一句话。只是一直以来都是皇帝说说而已，大臣听听罢了，现在朱由校要来真的了，大家就觉得如果如此，那就会国将不国。这让朱由校极其恼火。
好在阁臣都支持皇帝的举措，其实大家都觉得六部每一部管辖范围过大，尚书职权太