朱由校安排好这件事后，传旨给黄克缵，要求他抽调大明皇家海军学校的学员来组成远洋舰队，准备远赴美洲寻找橡胶树种。至于远洋舰队的船只，则全部使用福船。
这时最大的船厂是清江船厂，总厂在淮安府山阳清河之间的运河沿岸。下设京卫、卫河、中都、直隶四个大厂，共八十个分厂，厂区沿运河绵延伸展，总长达二十多里地，规模极其宏大，在天启朝之前，每年产船约六百艘。
而朱由校登基以后，专门整治了清江船厂，将一些有劣迹的官员或杀或贬，又专门派锦衣卫驻守在此。然后将有经验的船工集中在四大厂内，而其它分厂则以发卖的方式交由私人经营。
这一作法，亘古未有，但确实有效果。因为清江船厂原来是国有性质，造什么船，什么时候造，价格如何，都是由朝廷控制的。这给了官员上下其手的机会，也造成了整个船厂的造船能力不足。
而这样一改后，分厂归于私人，减轻了朝廷的负担，又可以灵活地制定造船策略，使得平时造的船数在天启二年就达到了六百五十艘，这还只是分厂一年的造船数。
而总厂和四大厂则由朝廷拔款，专门制造大型战船。到天启五年末，已经制造出大福船三十六艘。其中最大的福船船长