曹文诏任东方将军。
除了这六大军区外，还设有海军军区，象颜思齐便是北海东海总督，包括济州，新州在内的整个东海北海海域都是他的管辖范围。而郑芝龙则是南海总督，包括琼州岛，吕宋各岛，越南及周围的各处海域都是他的管辖范围。至于张千方则因为已经出洋而暂时没有封号。
大明兵部参谋总部正式成立，卢象升任参谋总长，熊廷弼和杨光夔任副总长。白健森和李德林为少将参谋官，带领以下各级参谋员。
每个军区按照其管辖范围分配数量不等的常备军，常备军以师或者旅为单位每三年一轮换，而将军府及其下的各地分处则为固定组成，这些都属于护卫军。
而除了护卫军以外，各军区还有由兵部直管的野战军。平时各军区将军负责野战军的训练和后勤供应，但无权指挥野战军。如果有战事发生，则由参谋总部派将领组成野战兵团，但战后会立即解散野战兵团，这就让各大军区将军无法将军队变成自己的私人部队。
孙传庭宣布完毕后，朱由校开始讲话：“建奴已灭，我们很多军官担心没有仗打了，是不是要刀枪入库马放南山了。朕要说，我们还有很多仗要打，很多地方要占，很多东西要抢。这话文官们不爱听，好在这里只有孙兵部