巩投靠了刚刚成型的阉党，便由御史方大任上疏弹劾郭巩只想杀熊廷弼而救王化贞。
曾经被郭巩弹劾的给事中刘宏光也上疏分辨，认为“今巩于救熊廷弼者尽皆深文周内，被之以党贼之名，而于救化贞者则尽置之不论，甚且欲专杀廷弼而故出化贞”，所以，郭巩弹劾自己，是为杀熊廷弼救王化贞而清除障碍。
周宗建也具疏驳之，其疏曰：“夫李维翰、杨镐、袁应泰等，皆失封疆之臣，亓诗教之力主催战、赵兴邦之贿卖，边臣皆误封疆之贼也。使巩而果从封疆起念，则自应泰身殉而外，胡不公正发愤？并请诛锄也。且使巩而果欲立保举之法，则荐镐、荐维翰、荐应泰者皆保举之人也。巩不尝见荐王化贞者乎······刘一燝身为宰辅何据，而遽指之为逆族；周嘉谟并叨顾命，何因而强坐之以机关；毛士龙放弃已久，何事复衔之刻骨；王安盖惟不具，何忍复借之以趋权······方震孺于进关之役，既苛责以不死之非，而陈王庭于三路之败、开铁之亡，反欲为邀不次之赏······”
此外，周宗建还在奏疏里说道：“止借一熊廷弼以媚一时之灶见，有触珰扶正挺然独立者，惟恐其去之不速，欲自为固结进身之计，而借此以为贽焉！世叶而自知人之欲借。臣以为，贽于魏