说到福宁兵变，名义上是因为福建福宁州官兵由于仓官林廷柱盗窃军储，不及时发饷；州同徐士璋收受贿赂而不追究；王州守又包庇佐贰而不为调解，所以引起了士伍的不满，进而导致乱兵们关闭城门，包围官署，殴打贪吏，树旗拆屋。
但实际上，跟福建官府调用福宁州官兵前往澎湖参战有关，福宁州的官兵听说澎湖战事紧张，死伤众多，不想去澎湖送死，便寻了个理由作乱，现在因为整饬福宁道（福宁兵备道）出面安抚，答应不派军兵前往澎湖作战，并加倍给予钱粮，而把事情安抚了下来。
“臣等以为，此事关键还在于澎湖战事，当督促南居益立刻发起进攻，驱离红毛夷，如此，才可安定福建局势，不至于再有类似福宁军伍作乱一事！”
兵部尚书赵彦言的话刚刚说完，便有福建道御史李应出列反对道：“辽东肇乱，始于盲动，轻言进军非老成之举，如今福建奏报，围困之势已成，只要按部就班，便可驱逐红毛夷寇，兵部轻率，实军事不利之固疾。”
兵部侍郎余懋衡刚想出列针锋相对，天启帝言道：“既然南居益奏报，困寇已成，不日将克，且容他几日再说，至于福宁兵变，定是上下贪鄙所起，福建巡按巡查不利，也当一并处分了。”