圣、庶吉士杨汝成、马之骥、闪仲俨等东林党人的禁锢；此外，崇祯帝还火急火燎的从南京召回了曹化淳，让其担任司礼监秉笔太监。
眼见得阉党毫无抵抗能力的被自己一网打尽了，崇祯帝忽然不自信起来，此时已经升任御马监太监的高起潜出于固宠（争宠）的目的，提醒崇祯帝要斩草除根。
于是为了避免魏忠贤等人还有卷土重来的机会，崇祯帝又谕示兵部：“朕御极以来深思治理，而有逆恶魏忠贤擅窃国柄，蠹盗内帑；诬陷忠直，草菅人命，很如狼虎。本当肆市，以雪众冤；姑从轻降发凤阳。不思自惩，将素蓄亡命之徒身带凶刃，不胜其数；环拥随护，势若叛然。令锦衣卫官旗扭解押赴，跟随**即时擒奏。”
已经失势但还未被抓捕的李永贞听闻崇祯帝最新上谕后，立刻斥巨资雇募信使，向魏忠贤通报，结果才走到河间府阜城县的魏忠贤得信后自知性命难保，便与同行的李朝钦在阜城南关客氏旅店痛饮至深夜四更，然后一起上吊自杀了。
魏忠贤死后，之前遭到严厉整肃的东林党犹有不平，便请旨对魏忠贤家人进行清算。
崇祯帝便命人将客氏鞭死在了浣衣局，魏忠贤的侄子魏良卿、客氏的儿子侯国兴、侄子客光先等在阉党得势时高官得坐、