设立南书房的理由只是，他身边没有可以随时同他研讨经史，切磋书法的人，“朕不时观书写字，近侍内并无博学善书者，以致讲论不能应对。今欲于翰林内选择二员，常侍左右，讲究文义。”
南书房的设立是康熙皇帝的一个创造，这是应他本人的军事之需、行政之需、学问之需和情趣之需，专门开设的一个非常独特的内延机构。
说军事之需和行政之需，是因为当时正进行，关系满清生死存亡的平定三藩之乱的战争，各种军报紧急而繁多，指令下达必须迅速及时；三藩平定后康熙皇帝还是每天日理万机的忙碌不堪，处理日常大小政务，开展实施宝贝儿子一个又一个的新想法，开展和沙俄的战事等等。
勤政且专-制的康熙皇帝身边，需要有一个可以贴近咨询的军政顾问和机要秘书班底，陪着他一起随时随地处理国家事务，政寝学合一地方和机构。
说学问之需和情趣之需，是因为康熙皇帝对他酷爱的读书学习，经史子集，天文地理，算学音律，地方民情，随时需要身边有信重的师友，和他请教和探讨；而对于他喜欢的书法、绘画、诗词、文玩等等，也需要有人和他同趣相通，同好相逑。
说它是内延机构，是因为它是康熙皇帝将外朝内阁的某些职能移归内廷