是以后遇大事依旧由六部九卿廷议决断，但日常行政事务则全权由内阁处理，除刑部以及都察院大理寺外，兵部、礼部、户部、工部以及未在六部九卿之列的国子监和翰林院等都向内阁负责。
当然，兵部同时还得向大元帅府负责，作为大元帅府与内阁之间沟通的桥梁。
朱由检知道现在大明的内阁其实已经是大明的最高决策机构，但他想把这个制度明确下来，甚至直接写成皇明训令，避免以后内阁职权再次出现变化，甚至插手军政以及司法。
现在朱由检等于已经把三法司独立了出去，内阁并不兼管刑部与大理寺以及都察院。
三法司的堂官直接向自己这个皇帝负责。
同管理天下兵务的大元帅府一样，在自己这个皇帝之下，帝国开始真正实现行政、军事、司法三权分立。
司礼监和六科廊作为对行政的干预机构，朱由检还不想裁撤，毕竟这是保障自己皇权的重要组成部分。
吏部作为大明的组织部，管理着天下官员升迁贬黜，权力很大，甚至在帝国初期可以和内阁分庭抗礼，但现在朱由检继续明确承认他的职权归于内阁之下，自然是要加强内阁在行政官员方面的统治权威。
这样有利于政令统一和更快捷地