崇祯十九年关于军务的大事除了海军编练与战船打造外，便是近卫军第四军的整编与整训工作。
黄得功与袁继咸部的二十余万大军除部分补充进近卫军第一军、第二军、第三军外，还有部分按其自愿原则裁撤掉，而裁撤掉的官兵则由兵部统一转业到地方担任江南、江北等地担任基层里正到县令等官。
而近卫军第一军、第二军、第三军的部分官兵则调任第四军充任军官，第四军翁正春、李时春等将领和一批中下层军官则调回南京做大明陆军中央军校的学员，接受近代化军事训练与热兵器战争指挥训练。
朱由检将以前的淮安讲武堂重新变革成了大明陆军中央军校，且也设在了南京。
而与此同时，周遇吉、刘芳亮、何新甚至是刘肇基、刘希尧、秦邦屏乃至顾炎武、郑成功、阎应元等军官都按照朱由检的旨意，根据历次利用火器与火炮作战的经验开始编练火器与火炮战阵的作战指挥课程以及改进建议。
与此同时，刘肇基、刘希尧、刘迁、陈子龙、焦琏等近卫军第一二三军的部分副总兵到指挥使武官则充任教官，亲自教授翁正淳、李时春等将领。
由御马监掌印太监兼近卫军第二军总兵官何新担任大明陆军中央军校祭酒（校长）