都一无所觉地生活在母体构建出的梦境里，一部分觉醒的人类组成了反抗军，试图解救人类，获得自由，而尼奥就是他们苦苦寻找的救世主，那个独一无二的“theone”。
——这是尼奥所得到的解释。
“为什么是我？”尼奥问，“你凭什么这么确定我就是这场机器与人类的战争中，属于人类的救世主？”
惯例的发问，克莱尔想，这种塑造人物的手法太常规了，有点不符合DM的风格吧？
但这点念头很快就从她的脑子里烟消云散，她重新沉浸在电影里。
这段剧情引出了“先知”，一个说话云里雾里的人物，不过她应该不怎么重要，“先知”不过是一种强行解释电影逻辑的设定罢了。
既然电影的背景是人类和机器的战争，母体当然也派出了打击反抗军的军队，它们被称为“特工”，每一个特工在母体所构造的虚拟世界里都能上天入地，无视大多数物理规则，到处追杀反抗军。
为了能够击败特工，尼奥进行了特训，在一系列观赏效果极佳的训练场面过去后，尼奥仍旧打不过特工，尤其是特工首领，史密斯。
剧情的转机来自女主角崔妮蒂的吻和表白，在一段优美的感情戏后，尼奥忽然开了挂。
母体中