诏把马扎儿台贬到甘肃，脱脱请示皇帝要跟父亲一路同行。后来马扎儿台去世了，顺帝想起脱脱过去为朝廷立的功劳很后悔，重又把他召回了京师，暂任太傅，管理东宫事务。后来朵儿只、太平都被免去丞相的官职，脱脱再次被任命为中书右丞相，赐上等酒器、名马、外衣、玉带。
不久，黄河在白茅堤、金堤决口，方圆数千里的百姓受害，决口5年没能堵住，脱脱决定治理好水患，他对别的大臣说：“皇帝正在为百姓遭受的灾难感到忧虑，我们做大臣的应当为皇上分忧解愁。然而有些事情是挺难办的，就像有的病难治一样。自古以来河患就是难治的疾病，现在我一定要为百姓除去这个疾病。”别人的劝说脱脱都不听，他向皇帝推荐贾鲁为工部尚书总治河防，让他征发民工和戍军17万人充当劳役，堵上决口，修复大堤，让河水充人故道，大概8个月后，就大功告成了。于是顺帝非常高兴，一个劲地夸奖脱脱做的事儿是“功在当代，利在千秋”。脱脱也挺高兴的，但他没有想到总得到领导的表扬不是好事，因为招致了别人的嫉妒，他更没有想到，他的生命已经进入了倒计时。
不久，汝、颍之间百姓聚众开始反元，以红巾为号，襄、樊、唐、邓都起而响应。脱脱上奏皇帝以他的弟弟御史大夫