殿、卧佛殿、藏经楼，两侧有达摩殿及悉多太子殿等配殿。东路院为寺僧起居处，有大斋堂、大禅堂、霁用轩、清凉馆、祖师院等六进院落。西路五进院落，包括三座行宫院。故东西两路有“三宫六院”之称。
三世佛殿是卧佛寺内最主要的殿堂，因供奉三世佛即东方净琉璃世界的药师佛，婆婆世界的释迦牟尼佛，西方极乐世界的阿弥陀佛而得名。在约一米高的须弥座上，三尊三米高的泥塑贴金佛像端坐在莲花座上，殿堂的两傍是彩塑十八罗汉。
三世佛殿有东西配殿，东配殿供有“悉多太子”和“波斯匿王”像，西配殿供奉“达摩祖师”和“地藏菩萨”像。
卧佛殿面阔三间，绿琉璃筒瓦黄剪边单据歇山顶，两侧楹联相传为天成国皇室的某位太后所书，具体那位太后是何人，已经不可考据。
卧佛殿中的卧佛全部以铜铸造，铜佛作睡卧式，悠然于佛坛之上，头西面南，左手自然地平放在腿上，右手曲肱托头。佛卧之姿态，在表达佛陀追求涅槃时之姿态。
卧佛后面围坐着十二圆觉菩萨，他们面部表情沉重悲哀，构成一幅释迦牟尼涅盘于婆罗树下，向十二弟子嘱咐后事的景象。
殿的正面墙上挂一块“得大自在”的横匾。殿外左、右各有