这些人就不愿意跟着王光恩和刑天军为敌，在这个时候，眼看大势已去，谁也不想跟着王光恩给朝廷卖命了，还有相当多的人就地倒戈，加入到了刑天军之中，掉头便跟着刑天军开赴了南阳城，开始对南阳城发动了进攻。
这一仗打了足足十天时间，南阳城守军怕刑天军入城大屠，而且城中唐王朱聿镆出银五万两赏兵，也激发了城中守军的士气，所以抵抗的相当激烈，加上不断有一些官军试图救援南阳，肖天健不断的要围城打援，也耽搁了一些时间，但是何乃刑天军炮火凶猛，第十天负责镇守北门的知县姚运熙被刑天军一炮轰成了碎肉，守军才终于崩溃，被刑天军攻入了城中，南阳就此告破。
肖天健攻下南阳，又抓住了唐王朱聿镆和知府徐启元，因为他们出银赏功，率兵死战，使得刑天军这一次攻打南阳城伤亡很大，肖天健也没对他客气，当即下令将他处斩，并且抄了城中唐王府，缴获了大批的钱财粮食。
不过在某种程度上，肖天健却等于是拯救了南阳大批的兵民，因为如果还是在原来的历史轨迹上，南阳是李自成率部攻克的，李自成攻打南阳的时候，南阳守军抵抗的十分激烈，使得李自成损失很大，李自成一怒之下攻入南阳之后，对南阳进行了一次大屠杀，在南阳城内外杀人盈