朝兵仗局的工坊也没有破坏，大批京城内的工匠还留在京城，这些工匠可是眼下的国宝，其中手艺高明的工匠起码有两千人以上，肖天健入京之后第一时间，便下旨厚待这些兵仗局工匠，包括管理兵仗局的一些太监也予以了保护，在京城内局势刚刚稳定下来，便下旨将京师兵仗局改为了大中北方军工厂，并且下旨拨银，开始恢复生产，原兵仗局下的工匠，每个人先发给五两银子和部分粮食，让这些工匠们安心下来，开始转而为大中朝做事。
同时下旨将原来各地的匠作营，全部划归于工部之下，并且将其改称为军工厂，在工部之下，成立起了一个军工部，统管各地的的军工生产，满足各地军队的需求，军队自身今后不得控制兵器生产，而是要按照兵部下设的总后勤部统一调拨，如此一来，更加强了对各地军队的控制，另一方面也理顺了各部的管理关系。
经过肖天健的调整之后，大中朝形成了军队需要武器，先是由诸军提出要求，递交给总后勤部审批，总后勤部审批之后，交给兵部列出计划，然后提交给肖天健批阅，然后交户部下拨资金，再交给工部进行生产，最后交付给总后勤部，如此一来，各地诸军想要私自扩兵，除了要接受户部的监察之外，武器也无法自行解决，这就防止了诸军大将拥兵