这一下倒好，两方因为事先联络不畅，各自拥立了一个皇帝，都宣称继承大明王朝的衣钵，永历和绍武这俩皇帝，都自称正统，结果是双方都骑虎难下，谁也不肯退让，以至于两个小朝廷称皇之后，他们两方先为了名分的事情，自己大打出手了起来。
郑芝龙本以为以他们的实力，可以轻松的将永历朝给吞掉，谁知道情况并没有他想的那么简单，虽然他拥有很强的水师，可以封锁两广沿海，但是两广那边的永历朝却也纠集起来了十余万明军，使他们无法短期之内解决他们内部的问题。
更让郑芝龙担心的事情是，随着浙江和江西的陷落之后，大中军明显开始朝着福建交界处增兵，两个月之前，更是拿下了福建的门户之地赣州，使得福建整个暴露在了大中军的兵锋之下。
于是他们绍武朝便无法集中兵力先吞并掉永历朝，不得不调集重兵放在北面防备大中军对福建的攻击，如此一来，他们绍武朝便要腹背受敌，更是让他们自顾不暇。
还有一件事让郑芝龙很是忧心，他们郑家靠的是海上经商为本，但是随着北方诸省一个接着一个的陷落之后，他们的主要商品丝绸、瓷器、铁器的产地纷纷陷落，福建这个时候，并不算繁华，商品数量有限，大中军掌控住这些地方之后，便不准货