侯君集，让他任仆射，并说：“国家安不忘危，不可无大将，诸卫兵马宜委君集专知。”但唐太宗认为君集喜欢自我夸耀，所以没有重用。
侯君集一直作为李世民的忠实追随者而备受器重。他和秦叔宝、尉迟恭不同，不是以骁勇而充当李世民的打手；他又和李世绩、李靖不同，他从头到尾都是秦王府的人。同时，他的祖辈是关陇军事贵族集团中的成员，这也是他受信任的一个重要原因。
在玄武门之变中，侯君集扮演了一个非常重要的角色，促使李世民的最终决策，并且是李世民进入玄武门随行九人之一。史称“建成、元吉之诛，君集之策居多”。
这从事后的封赏也可看出，侯君集食邑千户，仅次于尉迟、房、杜、长孙几人，而在诸将之上。（李靖当时是五百户）。贞观十一年，李世民封建功臣，侯君集被封为陈国公。
李世民即位后，侯君集一直握有很大的兵权。贞观四年，又以兵部尚书参与朝政而入相。他虽然出身行伍，但是被重用后，开始认真读书，后来他还担任吏部尚书主持典选，工作比较出色，得到舆论的好评。
侯君集在贞观时期参与了两次较大规模的战争。第一次是贞观九年由李靖总指挥的灭吐谷浑之战。他在此次战争中担任一支方面军的指