新期间，熊希龄于是打点行装准备北上，和他的同乡谭嗣同一起大干一场。，然而途中饮食不慎，突发痢疾，只好返回衡阳养病。就在这养病的十多天里，北京维新六君子的惨剧发生。因为一场疾病，熊希龄侥幸讨得一条性命。然而对这个维新名人来说，死罪可免，活罪难逃。熊希龄被御史黄桂均参奏，指为康梁党徒，受到“革职永不叙用，并交地方官严加管束”的处分。后来熊希龄回忆这一节时对人说：“向非一病，当与六君子同命成七贤矣。”熊希龄的维新事业至此止步。
光绪三十一年（1905），经两湖总督端方举荐，任出洋考察宪政五大臣参赞，其间考察了欧美的政治经济，还在美国纽约参观了杜克经营的美国烟草公司，对西方的烟草专卖制度备感兴趣。光绪三十三年（1907）前后，他先后上书户部尚书张百熙、度支部尚书载泽，呼吁清政府尽快施行烟草专卖制度。熊希龄在给载泽的信中说：“烟之专卖，英、荷、日等国行之，而皆为国家一大宗之收入，固不以侵占民利为嫌也……如纸烟一项，亦为今日绝大漏卮，目前如不设法，以后积重难返……”他认为，中国每年的税收很少，而烟属于奢侈品，加征烟税不仅对大多数人的利益没有什么影响，而且能增加国家收入，因此应仿效外国，对