练兵处、太仆寺并入；初设时并领军谘处、海军处，旋即分出。部以尚书、侍郎为主官。部内设承政、参议二厅，有左右丞、参议、谘议官、检察官、正副从事官；军衡、军乘、军计、军实、军制、军需、军学、军医、军法、军牧十司，各司人员有职有官，职指司长、科长、科员、承发官、译员、绘图员等，官指郎中、员外郎、主事、笔贴式、正副参领、正副军校等，以官分任各职。
1906年，在拆除了和亲王府和承公府后，以慈禧修建颐和园之海军经费余款，兴建了东、西两组洋式砖木结构楼群，西部为陆军部，东部为陆军部所属的贵胄学堂。清宣统元年重建海军，于是将贵胄学堂撤消，此处即成为海军部。
陆军部建筑由中国建筑师沈琪设计，1907年建成。中间的主楼为欧洲古典式灰砖楼，前后面三间楼门，中部门厅以上三层，两侧及翼楼均为二层，外檐为联拱柱廊。楼体满布精细的砖雕花饰，门窗、天花、地板和护壁板全用优质木材精雕细作，华丽壮观，表现出欧洲折中主义风格。主楼的东、西、北面各有一座楼房，形成一组楼群。在这组楼群的东西两边各有一组风格相同的建筑。大门在主楼前，朝南，面阔五间，灰筒瓦悬山大脊顶，中间三间开门的中国木构建筑形式，东西山墙