军达贵再次奏请自办，款项由度支部拨八十万两，吉林省拨银79.9万两。正当吉林人民对吉长线翘首以待的时候，日本却横插一杠，与清政府达成协议，取得了吉长铁路的借款权。1907年4月15日，外务部大臣那桐、瞿鸿禨、唐绍仪，与日本驻华公使林权助在北京签订了《新奉、吉长铁路协约》。规定吉长铁路所需款项半数，即日币215万元，向南满筹借，借款年息5厘，实收九三折扣，铁路总工程师及司账人均由日本人担任，细节上由南满与中国邮传部另行商订。就这样，日本把本属于中国国有兴办的一条铁路掌控在了自己的殖民工具满铁手中。
事实上，在处置中国东北问题上，日本关东州内“文治派”和“武治派”是有矛盾的，但尽力促成此路却是双方的共识。在组织架构上，关东州三巨头形成了平衡与制约，后藤新平兼任着关东都督府顾问，而关东都督府民政长官兼满铁副总裁，双方势力交错其间。“文治派”以后藤新平为首，强调侵略方式的隐蔽和欺骗；“武治派”以关@东@军参谋长的儿玉源太郎为首，倾向于直接侵略方式。在讨论整体方案中，双方发生了激烈的争吵！
这次争吵以《新奉、吉长铁路协约》暂告段落，文治派的后藤新平把这一协议的签订认为是文治派