1934年12月佐佐木到一接替板垣征四郎升任该部第三任最高顾问，开始对于满洲地区的军队进行整备。在此期间，他制定了一系列改造伪满军队的措施，扶植起一支镇压中国人民的反动武装。他基本解散了旧的军队，完全重现建立了军队，为防止兵匪勾结，他定员放子弹，满洲军人每人只有3o子弹，如果作战失败，就立即解散部队，追究主官责任，直至枪毙。
结果导致黑市子弹价格高达七角五分，抗联完全无法补充子弹。另外佐佐木到一制定了两项计划，直接造成东北抗联的失败。一是《“满洲国”三年治安肃正计划》，对东北抗联实施严厉的军事打击。一是《集团部落建设计划》，采取“民匪”分离的政策，断绝了东北抗联的补给。
这两项计划得到大力贯彻，即便佐佐木到一离开了满洲，始终在实行。1938年底，东北抗联已经损失非常严重。194o年底至1941年抗联余部6续进入苏联，而那时东北抗联官兵只剩2ooo余人。
佐佐木到一在离开东北的时候，回顾改造伪满军的情况时说：“从大正1o年（1921年）在广东时期起，我已抱着必须从根本上改造支那军队的信念。任满洲国的军事顾问后，便把过去研究的付之实行，经过五年努力