毫无疑问，这种贸易的垄断反过来又极大滋润了郑氏集团，使得其力量更加增强，甚至从海上延伸到了陆地，成了福建事实上的土霸王。
福建水师力量第一次受到重挫是郑芝龙降清。去了北京后的他水师群龙无首，平日里养起来的海盗、渔民们因为没人发钱了而散去了很多，再加上也有不少人对其降清不满，因此原本啸聚一块的福建水师顿时星散各处，再也不成规模。这从后来其子郑成功回福建招募旧部就能看得出来，前来投奔的人并不多，远不及当日鼎盛时期的规模。这固然有彼时郑成功财力不足的原因，同时也有很多人归隐、散去有关。
好在郑成功呕心沥血经营多年，再加上抗清旗帜给他带来的光环加成，福建水师的实力又慢慢有所恢复，但与当初也有所不同。其中，最大的区别就是数量减少了很多，即原本郑芝龙时期数量庞大、型号杂乱的渔船、货船什么的都被剔除出了水师队伍，郑氏集团也不再给他们发放赏赐或津贴，军民分离执行得非常坚决。
取代这些船只的，是郑成功设在马尾的造船厂仿造的一艘艘专业战船（看来无论是东西方，专业战舰和武装商船的逐渐分离都是大势所趋）。这些战船说实话技术并不怎么先进，但可以看得出来努力吸收了许多西洋帆船的