和工作人员都有各主事人员自行设定和委任，并在十天之后由各位主事将本机构工作人员名单和工作计划都交给商毅来确定。同时商毅对各司的工作责任要求，规章制度都做出了比较详细的规定。
整个行政系统建立起来之后，商毅也十分满意，如果试行一段时间，能够不出大问题，那么估计用这样一套班子，可以稳定的保持相当长的一段时间了，就算是自己以后能够建立一块新的根据地，也是基本上也都足用了。
行政机构完善下来之后，商毅也立刻开始建全军队的建制，这也是为出兵南下作准备。
目前穆陵军的整编工作以经基本完成，五个团和两个独立营的人员以经全部到位，接下来是各团营的武器装配、作装行动统一标准和纟统训练，以及后勤保障方面的事情。
商毅首先确定，对军队正式定名为商家军。对这个名字，军中的诸将都没有反对意见，因为在明朝本来就出现过一支以主将姓氏命名的军队——戚家军，有这个先例在，别人也说不出什么来。而且这支军队也确实是商毅一手创建起来的，商毅不仅是这支军队的最高指挥官，同时也是全军的精神支柱，可以说一但商毅不在了，这支军队就会立刻瓦解。
按照商毅的想法，第一团将留守在穆陵关，以