噶玛兰发动进攻，结果在商家军的十门火炮的轰击下，不到一个时辰，噶玛兰的土围城墙即土崩瓦解，而守卫噶玛兰的西班牙军和土著兵也被打得死伤惨重。这才知道双方的实力相差太远了，只好也投降。整个战斗只用了不到半天时间。
而至此，西班牙人在台湾的势力也全部都被商家军接收。离商家军踏上台湾的土地，仅仅只有三天时间。
随后商毅下令，通知商家军管辖地区内的各华人，当地土著，到鸡笼城来参加会议。
台湾土著在后世统称为高山族，实际可以细分为泰雅、赛夏、布农、邹族、鲁凯、排湾、卑南、阿美、达悟-邵族等十余个族群。台湾土著是以社为居住单位，大体相当于村、寨一类。一个社少则一千余人，多则有五六千人。
在台湾东北倍围绕鸡笼和淡水一带，可大体划分为三个区域：淡水河流域、鸡笼东北角一带以及兰阳平原。基本上相当于后世的新北市、台北市、基隆市、桃园县、宜兰县等地，总面积约为二千七百多平方公里。根据西班牙人的资料，在淡水河流域的土著人主要有武胜湾社、基马逊社、圭柔社、八里坌社、北投社、里族社等；鸡笼东北角的土著人主要有三貂社、金包里社等社；位于东部沿海的兰阳平原上则分布着哆啰满社、葛玛