了台湾南部的荷兰人，巴达维亚方面一定会出动海军，来复夺台湾，虽然目前的商家军海军的战船是够了，海军的素质还远远跟不上，因此也还不具备与荷兰海军相抗衡的实力，亚莉桑德拉的西班牙雇佣兵海军到是可以一战，但商毅并不想把希望都寄托在他们身上。
同时明清鼎革的时候在即，以目前商家军的兵力来说，也不足以支持两线作战，商毅的主要精力还是在国内，在这个时候，商毅可不想给自己的背后再建立一个强大的对手。
另外还有一个重要原因，现在是中国沿海还有一支举足轻重的力量，那就是广东的郑芝龙集团。在被明朝招安之前，台湾一直是郑芝龙的地盘，而且郑芝龙与荷兰人也是老对手了，双方在十畲年前为了争夺中国沿海的控制权曾经过了数年的激烈争夺。
结果双方互有胜负，郑芝龙虽然稍占上风，但也不愿长期树敌，因此最后双方不得不互相都退让一步，郑芝龙退出台湾，让给荷兰人，同时荷兰人承认郑芝龙在中国沿海的控制权，不追求在福建进行贸易，而且双方同意进行贸易往来。荷兰保留通向马尼拉和巴达维亚的航线。但荷兰的对日本贸易，需经郑芝龙将中国特产运至台湾，转手之后，方由荷兰方面运往日本出售。
商毅也曾有过与郑芝