之后，南京朝廷为立福立潞立桂，闹得沸沸扬扬，东林党人都表现是十分活跃，只有吴甡一改初到南京时锋芒毕露，收敛了许多，很少主动发表什么意见。吴甡虽是内阁大学士，督师，但北京朝廷一灭，这些都成了虚衔，因为吴甡督师的时间也不长，没有陪养出自己的嫡系力量，原来的部下黄得功、刘良佐等人也都投到了马士英那边。而现在的实际权力，都在南京官员手里。
虽然在名议上，商毅还是吴甡的部下，但吴甡心里清楚，自己根本管不住商毅，但吴甡还不能让别人知道这一点，在表面上还要维持着自己能够调动商毅的样子，因此只有这样，吴甡才能够在新朝中立足，因此在当初马士英和江淮四镇宣布拥立朱由崧时，有人建议调商毅率军入南京与其抗衡，但吴甡马上站出来反对，就是怕自己这点底细被泄漏了。
但吴甡心里也知道，时间长了，肯定是瞒不过去的，因此这次到杭州来，吴甡根本就不关心遗诏的真假和内容，而主要是希望和商毅达成一个协议，互相扶持，互惠互利。因为吴甡也相信，现在的商毅同样也需要一个能在朝中帮他说话周旋的大臣。这样的结盟，对两人都好。
因此两人见面之后，吴甡道：“以恒，要是朝廷当日早调你率军救援京师，也不会落到如今这