他这一路的人马几乎算是全军覆没了，暂时到是不用但心北面，因此商毅决定，在淮安只留下了二个营和水军驻守，只要截断黄河水道，基本可以保证这一线的安全。并留下成进带领第一师的其余士兵，驻守扬州，分守各处要路。随后又命罗远斌带着运送物资的半个师驻守泗州、盱眙，保护扬州的西北侧翼，而另外半个师作为后援兵力。
现在史可法也清楚自己的斤两，知道想要守住扬州，只能依靠商家军，因此对商毅的布置也都一一照办，而商毅布置好了这些安排之后，才离开扬州，返回杭州。
这时在杭州城里、叶瑶瑱和朱媺娖也在急切的等着他回来做出决定。还有周世奇、王夫之、李岩、李松晨，还有林之洋、李格非等人，都知道在太子案的背后，其实隐藏着许多厉害关系。浙江能够有今天欣欣向荣的局面，一方面是由于商毅集团确实治理有方，另一方面也是远离南京的政治中心，没有什么外力干涉，可以一心发展自己。而这次公主进京辩认太子是一个大麻烦，现在南京的形式错综复杂，稍有不慎，就会卷入南京的政治漩涡中。
不过商毅在返回杭州的路上，己经想好了应对的办法，当然在一些细节上，还需要和众人再详细搞定。因此回到杭州之后，商毅首先安慰了朱媺娖几句