之后，屯齐也被封为贝子，并且一直跟随着阿济格出战，在追击大顺军的过程中，立下不少功劳，因此在清军第二次南侵之前，被封为镶蓝旗的固山额真。
这次南侵，屯齐一直都担任清军的先锋，而且表现的十分出色，无论是在追击李自成，还是沿长江南岸进攻，都立下了不少的功劳。刚刚在大胜关以一万五千人马击败了黄得功部的近五万大军，当阵斩首七千余众，俘虏近万余人，取得了一场大胜，而且离南京城己不足二十里。
夺取了大胜关之后，屯齐也收到了报告，南明朝廷在经过了无数的反复斗争之后，终于下令调商家军到南京驻守，而且这时前部的人马己经到达了南京城中。因此屯齐也立刻下令出兵，以刘良佐引路，向南京逼近过去。这时屯齐的手下一共有一万五千人马，包括有三千前锋营的兵马，五千满八旗人马，五千汉旗人马，包衣跟役只有两千多人。另外还有降将刘良佐的一万五千人马。
清军入关之后，因为屯齐一直跟着阿济格作战，没有和商家军交战过，不过在这一次出兵之前，他也听说过不少商家军的消息，虽然屯齐对商家军超强的战斗力，觉得有些难以理解，毕竟别人战绩摆在那里，也不由他不信。因此他并不认为就凭自己这三万人马就可以攻开南京。