人均死于乱军中。
而这时教主朱师成己死，又无子女继承，因此残余的教众暂时以明石姬为首、师长老为辅。明石姬决定，首先让师长老带朱师成的灵柩和一部份弟子撤出南京，到徽州去与前一批先调离南京的弟子汇合，保存实力。而自己带领一部份弟子仍然留在南京，帮助商毅守卫南京。
商毅对明石姬撤离一部份人员离开南京也并没有阻止，毕竟他们也不是商家军的人，没有义务留在南京陪自己冒险，因此让他们随着运送百姓的遣船只离开。而对留在南京的玄皇教众，没有暴露的，仍然继续潜伏，暴露了的，可以根据他们的自愿，或是编入军队中，或是跟随明石姬，暂时在南京驻留。
明石姬等人对商毅也十分感激，因为现在的玄皇教实际己是名存实亡，商毅还念着曾经的同盟，给了玄皇教足够的照顾，也算是仁至义尽了。因此明石姬送师长老离开之后，也来见商毅，向她表示自己的感谢。
因此商毅也暂时把别的事情放下，接见明石姬。不一会儿，明石姬从门口飘然而入，只见穿着一件水合色宫装长裙，乌黑长发似云水一般披散在窄窄香肩上，但秀眉微蹙，一双明媚的美目薄雾蒙蒙，脸色也颇为憔悴，虽然和平素精明干练的样大不相同，但却另有一种娇弱不胜柔风