就好像当初接受明朝的招安一样，依然保持着自己的独立性，并且继续让自已占据福建和广东之地。
因此郑芝龙选择降清，原想找为自己以及家族在这个乱世中找一条根本出路，但清廷并不是这样想的，而是将招抚视为顺利拿下福建的一种手段，结果在另一时空里，郑芝龙在降清之后，反而被挟持北上，在北京度过了十几年的软禁岁月，最后仍然被满清处死。
郑芝龙的错误就在于，他对清廷没有清楚的认误，说简单点，他把清廷也当明朝一样对待了，完全没有意识到，这时的清廷是否已经具备统一全国实力，在此暂且不论，但和腐败的明朝完不全，至少已经把统一天下当作自己的目标，因此想保住自己的地盘和势力，必须破釜沉舟，与清朝决一死战。说白了想让对手坐到谈判桌前，也是要有足够实力的。
当然郑芝龙的选择，除了不看好隆武政权有可能的作为外，也足过分信任同乡洪承畴，以及洪所代表的清朝，也充份表现出郑芝龙在政治上的幼稚与短视。过于重视自己的“海商资本利益”，没有想到在这个大时代中，只能竭尽全力去参与天下的角逐，连弃权的资格都没有。
不过现在事情己经很难更改了，商毅只希望郑芝龙能够充份的警惕性，就算降清，也不要轻信