这种官职设立的随意性仍然很大，虽然到了明中后期，各省巡府，己经成了常设职务。但从理论上说，仍然属于临时性的官职，而且官员的任职时间，地点也不固定，因此不利于地方行政的延续。同时就是巡府的设置，也不稳定，有的大省会分割出二到三名巡抚来。
因此商毅也决定，釆用后世行政区域的划分方式，依次分为：省、直辖市——市（分省会市和地级市两种）——县——乡、镇四级。而在乡、镇以下，还设村一级单位。
现在自己占领的地区，分为山东、湖南、江西、浙江四个省，南京一个直辖市，台湾暂时划规浙江省管理，而各级行政长官、行政机构的名称也沿用后世的习惯，省称省长，行政机构称为省政府，市称市长，行政机构称为市政府等。但村级单位叫村委会，建立了人民公社的村，则和为公社委员会。各级行政长官都由杭州行政部指派，不过村级由本村自行选举村委会或公社委员会。
对于商毅制定的这些行政机构，众人也没有多大的异议，其实也就是名称区别，所谓省长、市长，也无非就是巡抚、知府换个马甲罢了。因为毕竟商毅现在还没有正式扯旗自立，还不方便使用原来的官职名称；而且如果以后商毅真的开国立朝，使用新的名称，也表示新朝的新气像