本地的人马，根本不是张献忠的对手，很快就被张献忠击败，退守重庆，不敢在进攻。
同时清廷也派人下诏，诱降张献忠，但张献忠对此置之不理，而这时清军的主力都在江淮一带与商家军作战，也只满足于占领汉中、陕南之地，暂时也无心图取四川。而张献忠这时也不思进取，在成都养尊处优，又过了一年多的舒心日子。
在顺治三年（1646年），吴三桂和尼堪奉命率军入川，也宣告张献忠在四川的好日子，终于过到头了。
吴三桂由夔州入川，首先进取重庆府，这时留守在重庆府的明朝兵部尚书、总督川湖云贵军务王应熊病故，余部曾英、杨展、于大海、王祥等人纷纷投降吴三桂，拱手将重庆府让给了清军。而另一路清军也在尼堪的率领下，由汉中南下入川，攻取了川北门户阆中。
于是吴三桂派部将马宝、夏国相由重庆率军西进，夺取川南州县，然后率师北指，进逼成都，而自己领军与尼堪汇合南下，分从两路夹击成都。
而张献忠也决定先击败南面的清军，然后再北上与吴三桂一战，于是亲率大军，出成都迎战马宝、夏国相部人马，打算双方激战于彭山的江口，那知清军虽然兵少，但却十分悍勇，大西军根本不是对手，结果张献忠被清军打得大败