又在巴石河的入海口处修建了一座圣地亚哥堡要塞，做为马尼拉城的屏障。而在马尼拉城里居住的，基本都是西班牙士兵，以及到亚州来的冒险者，还有传教士，以及他们的家属、仆人。也有少量的土著贵族。
巴石河南岸被称为巴里安区，北岸称为比农多区，才是真正的商业区，在马尼城的华人有九成以上，都在这里定居，或者开设了商铺，现在林之洋在这里也有一部份产业商铺，林凤舞就在这里生活了好几年的时间。而且也有不少在马尼城里居住的西班牙人，也在巴里安区或比农多区有自己的商铺、庄园，当然也有不少教堂。另外也有部份归化的土著，还有少量其他的亚州商人，欧洲商人都在这里定居。因此在这里也形成了多种文明交汇的局面。
在十七世纪初期，马尼拉也有相当数量的日本人定居，在一六零三年的马尼拉大屠杀中，日本人也充当了帮凶，但随着徳川幕府推行闭关锁国的政策，因此在马尼拉的日本人也逐渐减少，现在己不足两百人，基本都是当初那一批日本人的后代。
进入巴石河之后，就可以发现，在南岸的巴里安区有不少地方都有灭毁的痕迹，而且开张的店铺极少，街道上也少有行人，同时还发现了几批身材矮小的土著人正抢砸一家店铺，而在土著人的后面