整个山东军区司令部，也集体记大过一次。而山东省省长盂宏恭，因为是付责行政事务，因此免于追究付责，仍然担任山东省长。
而重点处罚的，是山东安全部的成员，因为这一次事件，严格来说，找到清廷的情报系统，保卫地方安全，应该是山东安全部的责任。尽管这里面有制度上的问题，山东安全部和山东军政两方面的工作脱节，但最主要的，还是思想上的松懈，对于安全工作的人员来说，这才是最致命的。
因此商毅下令，将山东安全部的主要付责人员全部撤职，其余人员也都在降级，降职，记过等处罚，并且立刻以飞鸽传书到南京，下令从南京安全部尽快抽调一批精干人手过来，接管山东安全部的工作，付责这一次事件的后续处理问题。
第五卷 飞天篇 第六十七章 巡视济南（下）
这几项处理决定公布之后，山东军政两方面的官员们也都没有异议，随后周世奇也开始了自己的工作，在济南、兖州、东昌三府建立完善的行政机构。
而商毅的重点工作是检阅军队，以及山东军区的各项备战工作。在随后的几天时间里，商毅毎天在各个军营里巡视，检阅军队的军容、军貌、武器、后勤保障等等事务。同时也观看了士兵的日常训练，演练，各项军事技