学、物理、天文、世界地历、历史、外语等内容，虽然也引起过一些争议，但反对的势力并不强大。因为东南沿海地区的风气比较开放，对于新事物的接收也很快，而且商毅并不是废弃了传统教育，只是加入了一些新的课目，不少开明有识之士也都清楚，这此科目确实都是有用的学问。
不管愿不愿意，反正商毅己经这么做了，在公立学校上学，就必须学习这些课程。而公立学校全部都是免收学费，使用免费教材，同时给学生提供一些必要笔墨纸张，对绝大多数人家来说，都居有很大的吸引力，因此在公立学校上学的学生还是占了大多数。
但【科举考试制度规范】的发布，却引起了不小的争议，当然争议的主要焦点，就是将一些自然科目引入到科举中。在【规范】中还附有一张自然科目的范例考卷，共计有六十题，毎题一分，其中包括有数学（含几何）、物理、天文、世界知识、时政五个部分的内容，每一部分的分数在十到十五分之间，以四十分为及格线。自然科目不及格，不能中的。
将自然科目引入到科举，确实在中国一千多年的科举考试中，是从未有过的事情，因为中国古代一向都不重视自然科学，因此一些道学者、士大夫都强烈的反对这一点。而对其他内容，到都能接受，