商毅知道，这种情况其实是很正常的，在战争时期，由军方来主导，而到了和平年代，则由内阁或议会为首要，这在任何国家、任何时代都是合理的，只不过现在的南京政府处在两个时期的过渡期，因此才产生了矛盾，只要等天下统一，或是大局己定，重新更改权力结构，也就可以消除这矛盾了，当然由内阁或议会为最高权力机构，是大势所趋的。
但在处理吴三桂的这件事情上，商毅还是倾向于李岩的意见，因为是吴三桂首先拒绝的南京政府提出的条件，选择了战争，现在打败了，还想用和平的方式解决，那有那么好的事情，而且现在南京政府同样也正在和大西军谈投降的条件，如果吴三桂开了这个头，那么孙可望、刘文秀等人会不会效仿，不管怎么说，先和中华军打一仗，等打不过了，再谈投降的条件。
因此那怕是要付出一定的牺牲，也不能接受吴三桂要求，现在吴三桂只能接受无条件投降，不然就以武力解决，同时也是警告其他与中华军为敌的势力，不要抱以侥幸心理。
商毅做出决定之后，王夫之也没有再坚持，因此对吴三桂的处理，就这样决定下来。
会议结束之后，商毅发现众大臣并没有像平时一样起身告辞，仍然都还端坐着不同，商毅也不禁有些意外，道