但就在这个时候，却从皇宫里传来消息，绍仁病倒了。
原来绍仁本来就是一个性格比较强硬的人，而被迫和中国签定了不平等条约，又眼看着中国通过分封大名的方式，逐渐控了日本的大局，但中国是一个比徳川幕府更为强大的存在，绍仁心里也有一种很深的无力戚，因此绍仁越想心里越窝火，结果一下子就病倒了。
因此商毅在离开日本的时候，又亲自进了一趟皇宫，探望绍仁的病情，当然见到了绍仁上后，商毅也显得十分关心，同时又让自己随行的御医为绍仁进行诊脉。
把脉之后，御医说绍仁的病是由干憔虑过度，肝火过旺所引起来的，只平心静气，安心静养一段时间，也就没有事了，因此商毅也再三咛嘱绍仁，一定要好好的养病，等病好之后，还想邀请绍仁去中国进行访问，为中日两国的友谊再做出贡献来。
结果在商毅离开皇宫之后，绍仁的病又加重了，当天夜晚就吐了血，而在第二天只能请太上皇政仁太替他出面，给商毅等人送行，而且从此以前，绍仁就一直病势缠身，时好时坏，拖了二年时间，终于一病不起，在1654年去世，由他的弟弟，后水尾天皇的第八皇子良仁继位，而那时中华帝国还专程派遣使者到日本来吊奠，并且带来了商毅的问候信，包括