每个人心中各有不同的盘算，与其说在北京成立大本营是为了巩固国土安全，还不如说是吴绍霆要加强全国军事的监管力度。可即便如此，吴绍霆成立大本营已下决心，三省不合作自然会得罪中央政府，或多或少都要给几分面子。
在新华门大本营的预想上，吴绍霆甚至将总统行营都隶属于大本营之下。
大本营最高权利机构为总务处，规定总务处的官员一律为文官，只负责行政管理和监督，并不直接干涉大本营内的其他公务。
同时成立大本营总后勤运输部，分别监督北方铁路网、总统行营后勤供应和北方军务后勤供应。吴绍霆许诺在大本营正式完成建设之后，由张孝准出任部长，阎锡山、商德全、姜桂题为委员会成员，后三人分别在本省辖区之内组建大本营后勤支部。
北方第一集团军司令部设置于此，南苑一个警卫师和两个前北洋中央师即日起划归北方第一集团军序列，三个师整编为共和国精英第三十三师和三十四师，师长分别为雷震春、田文烈。直隶省、山西省、热河省也将分别抽调部队，联合整编为精英第三十五师和三十六师，同时预置新番号三十七、三十八两师，由大本营负责招募训练一批新兵。
大本营还将成立北方特别参谋本部，参谋本部本身