勾结的荷兰人同样击败，让荷兰人不得不与郑芝龙合作，承认郑芝龙在南洋的霸权。
此时正是郑芝龙最辉煌的时刻，郑氏一门，两人封伯爵，手撑着福建一省所有军政大权，福建官吏无不仰郑家鼻息而存，雄霸大明八成以上的海外贸易，岁入近千万两银子，连朝廷的税收都有所不如，真正做到富可敌国。
在王福这个后来者的眼中，郑芝龙空负海上霸主之名，却胆小如鼠，在清军南下时不作任何低抗就投降，最后却没有落得好下场，简直是窝囊透顶，所以明知郑芝龙有亚洲最强大的海军，王福依然要以势压之。
只是在福建沿海许多民众中，郑芝龙不但是一个传奇，而且是活人无数的大善人，若没有郑芝龙，许多人早已在饥荒中死去，因此福建沿海一带给郑芝龙上生祠之人不在少数，郑家在家乡如此受人尊敬也不为怪。
郑芝龙身为福建总兵官，他的驻地本应是在福州，只是郑芝龙多数时间却是在泉州，泉州不仅是郑芝龙的老家，他的部属多出于泉州，而且泉州和厦门都是最重要的港口，两者相距不远，郑家之财，全数取于海上，郑芝龙当然更愿意呆在泉州而不是福州，他甚至在老家南安石井建立了一个颇大的船坊，每年可造大型海船三至五艘、修理数十艘。