具体安排，议定蒋翊武为军事总指挥，专管军事；孙武为军务部长，专管军事行政；刘公任总理，专管民政。军政大权，由孙蒋二人分担。关于全体重大事件，由三人集合大家共同商议处理。但是这样划分，职权不明确，究竟谁指挥谁，也未加以规定。不过当时只有这样划分才能使三人矛盾暂时得到统一。事实上三人从此形成了各不相下的恶劣局面。所以，武昌首义成功后，三人明争暗斗，矛盾逐步发展。
实际情况也正是如此，孙武任军务部长后，利用部长之便，委以部分共进会干部担任高级军官。蒋翊武名义上是军务部副部长，却无实权，文学社的其他成员更是遭到排挤。文学社与共进会之间早已存在的伤痕再添新疤。
孙武在主持军务部的这段时间里，权力欲膨胀，专横骄妄之气更盛，逐渐的失去文学社甚至他手下共进会的不少革命同志的支持。尤其是这段时间以来他拒绝与同盟会亲密合作，将军政府的全部权利移交给同盟会，并且逐渐开始拉拢黎元洪等一干立宪派。几年的革命，革命党人同立宪派前后交锋何止百次，说是势同水火一点都不夸张。尤其是立宪派不少都是清流砥柱、改革旗手，相比之满清宗贵们、革命党恐惧立宪名流还要更甚一筹，这几年的无限制暗杀，大多数目标都是立