仁、黄兴、汪兆铭以及孙文，出现了所谓的四大派系。
就如会后胡汉民所记述的那样：“国内同志以先生既归，乃共谋建立政府，举先生为总统。时章炳麟、宋教仁已先在沪。章曾言若举总统，以功则黄兴，以才则宋教仁，以德则汪精卫……又造为“革命军起，革命党消”之口号……江浙之立宪派人，如张謇、赵凤昌、汤寿潜之属，阳逢迎之……遁初居日本，颇习政党纵横之术，内挟克强为重，外亦与赵、张、汤化龙、熊希龄相结纳，立宪派人因乐之以进，宋之声誉乃骤起，故章炳麟才之。然终以党人故，克强不敢夺首领之地位，遁初始欲戴为总统，己为总理，至是亦不得不服从党议，然仍主张内阁制……选举及组织政府问题，当然由党决定。遂开最高干部会议于先生寓邸，讨论总统制与内阁制之取舍。”
孙黄之间的矛盾最终以黄兴出动退出宣告孙文胜出，而孙宋二人之间的矛盾却居然大增了起来。宋教仁曾经手制定‘鄂州临时约法’，更是亲眼目睹了黎元洪如何通过夺取鄂督之后，一跃势力跃居革命党之上。因此，在临时政府为总统制或内阁总理制的问题上，他与力推总统制的孙文之间冲突剧增，而在这个问题上，因为黄兴也隐隐赞同宋教仁的意见，最终，还是在北方的汪兆铭亲自写信表