间，定期出题考试甄别法官，淘汰了不少士绅，因此也得罪了不少士绅，这些士绅以及背后的利益集团不是旁人，正是号称第二朝廷的‘租股局’。连保路军的兴起都有租股局在背后阴谋扶持，他们倒是打了个好主意，无论保路运动成败，朝廷肯定会因为四川之乱而考虑重新思量‘铁路国有’的事情，倒不如趁着煽动川民作乱，趁机对挡住了他们财路的周善培施以杀手，以永绝后患。
赵尔丰逮捕蒲殿俊、罗纶等九人后，周善培被租股局势力的乡绅之流诬指为幕后主谋，他有口难辩。加上租股局的杀手四处打听他的下落要暗杀他，无奈之下，只好将家眷悄悄藏于友人家中，自己绝望地东躲西藏。后来鄂军入川、四川局势瞬息变化，蒲殿俊跟赵尔丰达成秘密协议，成立了大汉四川军政府之后，他原本见局势和缓，这才出来重新拜会赵尔丰，不想还没几日，成都又闹军变，尹昌衡赶走了蒲殿俊等自立为大都督，为了安抚支持他的立宪派势力，他一边下令派兵包围了赵尔丰的住所。一边又以极恶罪名将周善培逮捕投入了大狱之中。也多亏了那狱警都是他早年带出来的老下属了，才少了一顿皮肉之苦。后来因为李汉率军入川打乱了尹昌衡跟立宪派之间的默契，导致根本没来得及杀他便给驱赶出了成都下落不明，这才