攻陷江南制造局，只能派人兵围制造局，断了制造局内的饮水跟食物补给，并派人绑架制造局内士兵家属威胁，逼迫驻守士兵投降。
7月26日，黄兴抵达南京，欲组织讨袁，宣布江苏独立。江苏都督徐绍桢不愿革命，但是碍于情面准许他一人入城，不想城中早有国民党人旧部混于军中等待，闻听黄兴抵达的消息，林子兴、郑应、陈正河等十数青年军官主动带领部下出营为其护卫，一时响从者甚众，竟有不下千余之数。黄兴欲推举江苏都督徐绍桢为讨袁军南军总司令，但徐绍桢恐袁世凯误解自己，遂借口能力不足，通电往北京辞江苏都督携三千嫡系士兵舍弃南京逃往下属句容县，希望能够避开祸端，结果黄兴兵不血刃掌握南京城。第二日，驻守扬州的李纯部陆军第六师一万一千余众攻陷镇江，党人陈化、刘耿年罹难，镇江失陷。随后，李纯分兵一团往上海驰援，自己亲率主力往南京进军。
当天，袁世凯下令冯国璋为江苏都督，即日率兵南下指挥平乱。
稍晚一些的7月28日，在胡汉民于政府会议上宣布孙中山亲笔书信，主动收拢亲信，让出广东大权并推举陈炯明为广东都督之后，陈炯明当天召开麾下将领召开军事会议，强行宣布广州独立。
第二日，福建都督孙道仁